Berdasarkan Peraturan Kejaksaan Republik Indonesia Nomor 1 Tahun 2021 tentang Perubahan Kedua atas Peraturan Jaksa Agung Republik Insonesia Nomor: PER-06/A/JA /7/2017 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kejaksaan Republik Indonesia, Kejaksaan Negeri Kotabaru terdiri atas :

1. Kepala Kejaksaan Negeri Kotabaru
2. Kepala Sub Bagian Pembinaan
3. Kepala Seksi Intelijen
4. Kepala Seksi Tindak Pidana Umum
5. Kepala Seksi Tindak Pidana Khusus
6. Kepala Seksi Perdata dan Tata Usaha Negara
7. Kepala Seksi Pengeolaan Barang Bukti dan Barang Rampasan.